40 Stepper ... glaubst Du mir?



Nein - einer! Reicht aus zum Ausprobieren.

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wahrscheinlich zielführend, aber etwas kompliziert. Ich habe noch eine beobachtung gemacht: Das rattern kommt nicht vor, wenn der arduino am USB programmierkabel hängt, und er somit mit unabhängigen 5V versorgt wird.
Wenn Du die 12V nimmst, dann hängen dort die Motoren dran und geben vermutlich Störungen auf die Versorgungsspannung drauf, das gelangt dann zum Arduino.

Klar kannst Du den Arduino extra mit Akku betreiben.

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Du kannst aber auch was anderes noch versuchen, in diesem Fall. Nimm die 12V vom Akku , die auch an den Arduino gehen, verbinde die +12V mit einer Gleichrichterdiode und das andere Ende der Diode verbindest Du mit den Motoren. Also eine Diode in die Versorgungsspannung zu den Motoren. Vielleicht hilfts schon.

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Sag mal, der Akku ist nicht vielleicht zu schwach, dass die Spannung einbricht, beim Einschalten des Gerätes?