es gab im Lauf der Zeit vom Pi A bis zum Pi3 B+ durchaus mal Umbenennungen bzw. Vertauschungen der GPIO Nummern.
wiringPi kann die GPIOs automatisch um-mappen, per eigener konstanter wiringPi Nummerierung, bei den BCM Nummern und den physikalischen muss man tatsächlich selber aufpassen - dessen Autor Gordon Henderson hat sich irgendwann dazu im raspi.org Forum geäußert, als die 3 verschiedenen Nummerierungstypen diskutiert wurden.
Seit dem B+ layout hat sich aber dann bei den GPIO-Nummern nichts mehr geändert.

Auch der Jessie device tree wurde irgendwann in 2016 abgeändert, was wiringPi intern berücksichtigt, je nach Raspbian distri.
Der spezielle auf den Pi abgestimmte Raspbian dev tree führt auch dazu, dass z.B. wiringPi auf dem Pi2 nicht auf der Raspi Debian distri ev3dev funktioniert.
Sogar bei UART gab es von Pi2 zu Pi3 eine Änderung, die erst für die GPIO-UART für alle libs per serial0 statt ttyAMA0 ersetzt und dadurch wieder vereinheitlicht und rückwärtskompatibel gemacht wurde - in alten libs muss man das selber patchen.