Das zusammenschalten in 2 Gruppe ist eine gute Idee. Die meisten der kleineren AVRs haben zwar nur eine Input-capture Einheit (an Timer 1), können aber dafür sowohl den ICP Pin als auch den analogen Komparator als als Eingang nutzen. Die Input Capture Einheit erlaubt eine genaue Zeitmessung ohne von Interrupts gestört zu werden.

Wenn man es geschickt macht, kann man den Timer 1 trotzdem noch für die Erzeugung der Ausgangssignale nutzen - die output Compare Einheiten bleiben erhalten. Man muss nur den Timer durchlaufen lassen und die passenden Zeiten für die Interrupts programmieren.

Um die Ausgabe nicht zu stören wäre ein freigeben von Interrupts angesagt und ggf. auch die Benutzung von etwa ASM, denn Bascom erzeugt recht viel Overhead beim Interrupt.

Wenn sicher ist, dass die Eingangsignal ungestört sind, könnte man die auch per PinChange Interrupt erfassen, und auch da ein Unterbrechen der Interrupts erlauben.