Hey,

ein Flash-Speicher überschreibt ein komplettes Byte und die Schreibzyklen beziehen sich auf 10000 Zyklen pro Zelle.
Ein Sektor sind ja mehrere Zellen zusammen gefasst. Wenn du nun also ein einzelnes Bit löscht und wieder setzt, hast du die Zelle 2x beschrieben (Löschen zählt übrigens auch als Schreiben).
Ein Flash-Speicher ist für sowas eine denkbar schlechte Wahl.
Was spricht den gegen ein SRAM mit Goldcap? Das hält doch lange genug für einen Akkuwechsel.
Ansonsten pufferst du den µC und er soll dann einen Spannungsabfall detektieren, was in sein EEPROM schreiben und sobald die Spannung wieder da ist nutzt er das SRAM.