Ich denke du startest hostapd im daemon mode? Es kann sein das die standard Einstellungen der DAEMON_CONF Variable unter /etc/default/hostapd nicht auf die richtige hostapd.conf zeigt, das müsstest Du noch anpassen.

Falls das noch keinen Erfolg bringt starte hostapd mal manuell per sudo hostapd /etc/hostapd/hostapd.conf und schau was die konkrete Fehlermeldung sagt.