Ja, wenn du dem Programmer nicht sagst, dass vor den Daten die er schreiben soll noch einen Teil im Programmspeicher unberührt lassen soll (der Teil wo der Bootloader liegt), dann überschreibst du den Bootloader, hast allerdings beim Arduino auch 1kB mehr Programmspeicher.
Mehr Infos über Bootloader gibts hier: http://www.mikrocontroller.net/artic...ache_Anleitung