Kann ich mit dem denn auch via ISP programmieren?
Per ISP kommst du damit nicht ran, es ist ja nur ein Konverter für die Serielle Schnittestelle auf USB.

Arduino Mini Pro
Den ATmega auf dem Pro Mini kannst du nur über dieses Teil flashen, weil darauf ein Bootloader läuft. Das ist ein kleines Programm was vor dem eigentlichen Hauptprogramm läuft und beim Flashen per avrdude die Daten entgegennimmt und diese dann in den Programmspeicher schreibt (der Bootloader liegt in einem reservierten Programmspeicherbereich und wird deswegen nicht selber überschrieben, es sei denn du benutzt einen wirklichen ISP Programmer).