für die fuses gibt es einen kleinen trick: sie werden in zwei bytes angegeben (-> 16 fusebits) (gilt für den mega

wie diese zwei bytes heissen, kannst du hier rausfinden:
http://palmavr.sourceforge.net/cgi-bin/fc.cgi
wähle deinen chip aus, und ändere alle einstellungen mit den großen klickboxen unten. dann stehen oben rechts die richtigen fusebytes.

wichtig sind für dich BOOTRST (sollte programmiert werden) und BOOTSZ (müssen je nach der größe deines bootloaders gesetzt werden. dabei ist ein WORD = 2 BYTES, wenn dein bootloader also 512 bytes groß ist stellst du 256 words ein. achte darauf, dass:
CKSEL auf keinen fall 0000 ist --> das bedeutet ein externer taktgenerator ist angeschlossen. und bis du einen solchen hast, ist der AVR nicht mehr zu verwenden
CKOPT sollte programmiert sein, um auch in "verschmutzten" umgebungen (motoren, andere störungen) ein gutes taktsignal zu bekommen. leider erhöht sich der stromverbracuh auch etwas.
WDTON soll nicht programmiert sein. ansonsten wird sich der prozessor alle paar millisekunden resetten, sofern du nicht immer den couter löscht.
FINGER WEG von RSTDISBL. wird diese fuse programmiert, ist der reset pin als I/O pin verfügbar, aber dafür gibt es keinen externen reset mehr. du kannst den chip nicht mehr programmieren.
SPIEN muss programmiert bleiben, ansonsten schlatest du spi ab. aber ich glaube, über spi kann man dieses fuse nicht verändern.

am besten ist es, wenn du die fuses aus dem prozessor erstmal ausliest, und in die felder oben rechts eintippst (danach nicht enter drücken, sondern auf den button klicken!!) und dann die einstellungen anpasst.

allgemein wichtig: bei einem AVR prozessor ist ein fuse UNprogrammiert, wenn es "1" ist, und programmiert, wenn es "0" ist. das wird jedoch durch deisen fuse calc bereits beachtet.

wenn dann alles fertig ist, flashe deinen bootloader in den prozessor und resette ihn dann. der bootloader sollte nun auf dein programm warten, welches du dann zB über UART übertragen kannst.