Die Grundschaltung kannst Du dir aus dem Schaltplan rausgucken, da sind ja bereits LEDs verbaut. Wie man das mit einer Transistorstufe versieht, findet sich im Web z.B. da http://www.ledstyles.de/ftopic4494.html als serielle Konfiguration bzw. in Google mit "AVR Transistor LED", die Boardsuche streikt leider seid dem letzten Forenupdate bei Abkürzungen mit 3 Buchstaben. ggf. ist die Geschichte mit "Open Colector" und Pullup zu berücksichtigen - schöner ist natürlich wenn man die internen Pullups nicht braucht weil sie eine Last darstellen.
So lassen sich die LEDs auch relativ stabil direkt an der Batterie oder einem eigenen Regler betreiben ohne das der AVR leidet und die LED Spannung erst durch den Boardregler muss. Die freien Lötfelder der Ecken auf dem RP6 Base reichen für solche Geschichten dicke aus.