3D Drucker: Motoren ruckeln beim steuern mit G Code, nicht aber bei Pronterface

Ich habe vor kurzem meinen 3D Drucker mechanisch fertig gestellt. Ich steuere die Motoren via Pronterface->Arduino->RAMPS 1.4. Pronterface ist auf einem Raspberry B+ installiert (Merlin Firmware).
Die Steuerung via Pronterface läuft inzwischen einwandfrei. Ich kann den kompletten Druckbereich abfahren und auch das Homing verläuft problemlos.
Um erste Tests zu fahren habe ich jetzt meine eigenen G Codes geschrieben in denen ich einfache Wege fahre (einfach eine den Editor geöffnet, verschieden Befehle reingeschrieben und als .gcode gespeichert). Das komische ist nur, dass die Motoren ruckeln wenn ich einen G Code lade und über Pronterface drucke. Wenn ich dieselben Befehle bei Pronterface direkt in die Konsole eingebe läuft alles glatt, obwohl ich genau dieselbe Geschwindigkeit, Beschleunigung und Jerk wähle. Obwohl die Motoren beim ausführen des G Codes ruckeln, werden die gewählten Positionen genau angefahren, Schrittverlust habe ich also keine oder nur SEHR wenige

Woran kann das liegen:
- Ist die Kommunikation zwischen Raspberry und und Pronterface zu langsam (laden der Befehle?)
- Ist das Dateiformat .gcode ungeeignet?
- Liegt es doch an der Geschwindigkeit? Pronterface verwendet mm/min, in meinem G Code gehe ich von mm/s aus, da dass in Merlin auch so ist (ich versuche mit 10mm/s zu drucken)

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Ok keine Ahnung warum, aber seitdem ich die Befehle einmal manuell in die Konsole eingeben habe läuft auch mein G Code gut. Mal schauen wies nach dem nächsten Neustart aussieht :)
Falls jemand dasselbe Problem hatte oder eine Idee woran es liegen könnte wäre ich trotzdem über eine Antwort dankbar

Also inzwischen ist es so das es zu circa 70% klappt und in 30% der Fälle die Motoren mit einer unertragbaren langsamen Geschwindigkeit laufen.
Zwei Tipps haben auf jeden Fall die Trefferquote verbessert:
1. Ich stelle erst die x-y-z feedrates ein und in einer neuen Zeile den Extruder (der bei mir SEHR langsam läuft)
2. Ich speichere die Settings mit M500 ab

Trotzdem passiert es ab und zu das die Motoren sich langsam drehen. Ich disconnecte pronterface dann und connecte es wieder und meistens funktioniert es dann (obwohl der code gleich ist).
Ich bin mal gespannt ob cih den Fehler noch finde und ob er bei mir liegt oder ob es ein Bug von Pronterface ist