Naja du musst ihm ja irgendwie mitteilen wo er die suchen muss.
Die Idee von einem Makefile ist ja, dass du etwas bequemer dem Compiler mitteilen kannst, welche Dateien er alles mit einbeziehen soll.
Das einfachste ist sowas zu machen von der Struktur her:

src/main.c
src/rp6_lib/<alle files>

im Makefile dann bei EXTRAINCDIRS =
die rp6 library angeben.
Die C Files muss man dann halt alle noch extra mit passendem relativen Pfad eintragen. Kann man sich aber ja bei dem original Makefile von Windows abschauen. Wenn ich mich richtig erinnere haben die da ja was gebastelt, dass mein sein eigenes Projekt passend relativ zur RP6 Lib ablegen soll. So richtig schön ist das aber nicht^^

Vermutlich hilft es auch sich ein Tutorial zu Makefiles durchzulesen, das machst du einmal, danach kannst du deine Makefiles selbst zusammenbauen und hast auch noch was gelernt

Kurzes Googlen: (Kann selber keins empfehlen)
http://www.ijon.de/comp/tutorials/makefile.html
https://www.tutorialspoint.com/makefile/