Brauchst Du tatsächlich eine PWM, oder würde auch ein symetrisches 1kHz Signal reichen?
Dazu könnte man einen normalen PWM Modus nehmen und den Timer mit der CTC Option zurücksetzen.
Das bedeutet der Timer läuft bis zum Wert des Comparematch Registers und wird dann auf 0 gesetzt.
Dadurch wird dann der Ausgang OCxx getoggelt.
Damit ist dann die Frequenz des des symetrischen Ausgangssignals in Grenzen einstellbar.

Fast PWM nehm ich persönlich nicht so gerne, weil immer ein kleiner Spike übrig bleibt auch wenn das Comparematch Register auf 0 steht -
Beziehungsweise bei inverse PWM immer eine kleine Lücke im Ausgangssignal bleibt.