Eine PWM ist nur ein Signal. Was Du damit machst (ob 1 LED, oder 100 LEDs über einen Treiber (=Transistor, FET, OpAmp, ...)), ist Deine Sache
Bei mir zuhause läuft eine geregelte Badbeleuchtung aus ca. 30-50 LEDs, und im "Steuerteil" sind 2 Tasten: Eine für heller und eine für dunkler. Halte ich "heller" gedrückt, wird der Anteil der 5V in der PWM höher, d.h. länger 5V pro Takt und kürzer 0V (die Frequenz bleibt gleich!).
Das ganze geht dann auf einen guten Transistor und der gibt dann, solange 5V anliegen, den LEDs die kompletten 5V durch.

Jetzt fragt man sich sicherlich, wo der Vorwiderstand zu den LEDs ist. Nun, den kann man sich bei einer gescheiten PWM sparen, man darf eben nur einen gewissen High-Anteil nicht überschreiten.

Die Wirkung ist fantastisch: Anscheinend Stufenloses Heller/Dunkler der Beleuchtung. Und dabei ist das nur ein Ultraschnelles Blinken

Edit: Im Übrigen hast Du am Mega32 bis zu 32 I/O-Pins...
Wenn Du jetzt eine Farbe einer Bildschirmseite auf ein Pin legst (bzw. auf ein Transistor und dessen Basis auf den Pin), dann hast Du 4 Seiten * 3 Farben = 12 Pins. Reicht doch völlig