Bei nem Board weiß du auch nicht, was du vielleicht in 1 Jahr damit anstellen willst, das soll ja allgemein bleiben.

Alle Pins mit Sonderfunktion wie ADC, INT, PWM, I2C, etc kannst du natürlich auch als ganz normale digitale I/O Pins verwenden.

Der Analog Comparator liegt an AIN0 und AIN1, damit kannst du 2 Spannungen vergleichen und sehen, welche grösser ist und Sachen realisieren wie Übertemperaturabschaltung, Kapazitätsmessung, ...

Vielleicht tust du mal ein Blick ins Handbuch und schaust, was der AVR deiner Wahl überhaupt so alles bietet, bevor du ein Board dafür machst...