So weit ich sehe, ist alles dran.

Später willst du aber vielleicht mal den I2C (TWI) nutzen, so daß es günstig wäre, SDA und SCL nach aussen zu legen. Die 3 ISP-Anschlüsse brauchst du ja eigentlich nicht am Stecker bei so vielen Ports.
Ähnliches gilt für PWM-Ausgänge (OC1A, OC1B) und Interrupt-Eingänge INT0, INT1. Die hat man immer gerne zur Verfügung.
Auf deine Taster wirst du ohnehin pollen und brauchst keine Interrupt-Eingänge dafür.

Kommt natürlich drauf an, für was man so ein Board einsetzen will. Meinstens weiß man es noch nicht; soll eben ne eierlegende Wollmilchsau werden Von daher die Gedanken zu I2C, PWM etc. auch Analog-Comparator.

AVcc, ARef evtl mit 100nF Keramik entkoppeln wie im Manual beschrieben.
Die Größe der Kondensatoren am MAX232 ist reichlich, 1µF reicht da. Wichtiger ist die Art der Kondensatoren: nimm Keramik, keine ELKOs.

Evtl kann es auch klug sein, zusätzlich zu TxD und RxD Handshakeleitungen mit dem PC zu haben wie RTS und CTS, damit eine Seite nur dann sendet, wenn die andere auch bereit zum Empfang ist. PC-seitig mit Jumper um auch deine jetzige Konfiguration stecken zu können.

Zum Schaltplan möcht ich dir noch mal ans Herz legen, was KJion schon geschrieben hat: Wird wesentlich übersichtlicher. An anderen Stellen fehlen Jumper, da wird Eagle meckern. Du wirst auch die Konsistenz deines Board mit dem Schaltplan checken wollen...

Zum Board selbst: Setz die ICs auf Sockel, und auch den Quarz!
Sieh Platz für ein Kühlblech für den 7805 vor. Wenn da mehr dran hängt als n Controller wird der bei 12V zum Miniheizkraftwerk.
Nimm keinen billigen 7805, sondern einen mit Überstrom- bzw Kurzschluss-Schutz und Übertemperatur-Schutz bzw Abschaltung.

Viel Spaß beim Basteln