der versorgungsakku muss jedenfalls mehr spannung als der zu ladende akku haben... soviel, dass dann auch 2A ladestrom fleißen können...
mein (fertig gekauftes) ladegerät lädt akkus bis 20V akkuspannung und bringt dabei maximal 30V am ladeausgang. dh du brauchst zu laden schätzungsweise mindestens 1/3 mehr spannung als die spannung des zu ladenden akkus...

ich würde dann erstmal damit anfangen, die stromregelung sicher hinzubekommen. also nen passenden mosfet besorgen, an den PWM-port hängen, nen shunt zum messen und irgendeine last (zb glühbirne) zum testen. dann nen multimeter dazwischenängen und versuchen, mit dem mega8 verschiedene stromwerte sauber zu halten, auch bei lastwechseln...

wenn die stromregelung dann einwandfrei arbeitet, nen akku anschließen und dann den spannungsverlauf beim laden aufzeichnen und analysieren... so findest du raus, wann du abschalten musst...