ich mache das so:

wenn der pegel high ist starte ich nen timer
wenn der pegel low wird stoppe ich ihn
dann wird geguckt, wie hoch der zähler ist
timerroutine: incr zähler


der timer sollte mindestens mit doppelter frequenz laufen, aber mal 4 läuft sicher besser. (kommt auf die frequenz des AVR an und der länge der pwm signale)