Wie wird der Atmega32 programmiert über usb?
naja, des hat mit USB in erster Linie nichts zu tun, man programmiert die AVRs i.d.R. über serielle oder parallele Schnittstelle, man kann dann natürlich einen USB-->RS232-Konverter verwenden(was allerdings manchmal Probleme bereiten soll)

Für was werden die RXD TXD Ports verwendet?
das sind die Anschlüsse des U(S)ARTs am AVR

MOSI, MISO, SCK brauchst du zum Programmieren, da der AVR per SPI-Schnittstelle programmiert wird(die man an der parallen/seriellen Schnittstelle emuliert)

ich hoffe, ein paar Fragen geklärt zu haben