Wenn du Java kennst, wird dir C-Syntax vertraut vorkommen.
Mit Assembler würd ich nicht anfangen. Mit avr-gcc gibt's nen mächtigen und guten (mächtig guten?) C/C++ Compiler für die AVRs. Ausser für ein Winz-AVR, für den nur asm unterstützt wird.
Ich bin übrigens von 8051 auf AVR umgestiegen, um endlich in C proggen und GCC nutzen zu können.

Assembler zu kennen schadat aber nie, etwa um den Code zu kontrollieren oder zu staunen, warum eine einzige Zeile wie a = sin(b) den kompletten Flash zuhaut

Wirklich in asm zu Programmieren halte ich nicht mehr sehr zeitgemäss. Kleinere Codestücke in asm mögen zwar notwendig sein an sehr kritischen Stellen, aber die Entwicklungszeiten werden grösser und bei grösseren Projekten ist's einfach schlecht überschaubar und sehr Fehleranfällig. Der Code, den GCC generiert, ist zwar nicht optimal, aber gross was auszusetzen gibt's nicht. Ich hab immer ein Auge auf den generierten asm und der ist voll ok.

Ich progge übrigens auch von Notebook aus, direkt über COM. Bei USB solls teilweise Probleme geben, versucht hab ichs aber noch nie über virtuelles COM. USB ist da irgendwie Overkill.
Blöderweise gibt's neuere Rechner gar nicht mehr mit COM.