gcc benutzt du von cmd-Line.
Im einfachsten Falle
avr-gcc prog.c -o prog.elf -Os -mmcu=<MCU>

-o: set output file name
-Os: optinize for size
-mmcu: set AVR target

Das Precompiliert, compiliert, assembliert und linkt dir prog.c zu prog.elf

Zum laden machst du aus dem elf zB ein intel hex:

(flash ohne .eeprom)
avr-objcopy .text -j .data -O ihex main.elf main.hex

(nur .eeprom)
avr-objcopy -j .eeprom --change-section-lma .eeprom=0 -O ihex main.elf main_eeprom.hex

Gültige Werte für <MCU> bekommst du mit
avr-gcc --target-help
und Optionen mit
avr-gcc --help
alle Optionen mit avr-gcc --help -v