bei den allermeisten boards (ausnahme die von myavr) sind board und Programmer getrennt. das ist in den meisten fällen praktischer, weil man den Programmer dann auch für andere schaltungen mit AVRs verwenden kann, die man später mal aufbaut. außerdem kann man so auch gegebenenfalls den Programmer wechseln, zb wenn mann von seriell auf USB umsteigen will/muss...

bei der belegung der steckverbindung zwischen Programmer und board hat sich jedenfalls der von atmel vorgeschlagene standard absolut duchgesetzt, sodass eigentlich jeder Programmer mit jedem board laufen sollte...