Das Programm kommt in den Flash-Speicher, im EEPROM kann man bei Bedarf irgendwelche Daten ablegen die sich selten ändern

Die I/O Ports kannst du für alles mögliche verwenden, und ja da liegt entweder High oder Low an...
Für die Kommunikation mit einem PC oder einem anderen Controller musst du aber kein eigenes Protokoll schreiben, dafür gibt es die UART und I²C Schnittstellen.

Die meisten Pins sind übrigens doppelt belegt, was aber i.d.R kein Problem ist
(I²C z.B. geht über zwei Pins von Port C, die man dann natürlich nicht mehr als einfache digitale I/O Pins nutzen kann)