Vielen Dank für die schnelle Antwort. Ich hab mir meine frage selber beantwortet.

Zur Erklärung, vielleicht bringts ja jemanden was, meine Schilderung was fals war:

Um mein srec file zu erzeugen mach ich ein OBJCOPY vom aout file. Dem Befehl muss ich die Option übergeben, dass nur die .bootsection kopiert werden soll. Mittels -j bootloader.

Code:
%.srec:	%.aout
	$(OBJCOPY) $(OCFLAGS) -j .bootloader $< $@
	@chmod ugo-x $@

%.aout: %.c
	$(CC) $(LDFLAGS) -o $@ $< -Wl,--section-start=.bootl