Ok, ich versuchs dir mal zu erklären:

Als erstes musst du ein Verzeichnis anlegen wo du das C-File speicherst, egal mit welchem Editor.

Dann öffnest du das Programm 'MFile'
An der Menüleiste 'Makefile' anklicken
-MCU-Typ auswählen
-Debug-Format ->AVR Studio 3.x oder 4.07 (je nachdem mit was du programmierst)
-C/C++ source file(s) auswählen, also Pfad angeben

Jetzt auf 'File' in der Menüleiste und 'Save as'

Wenn du das makefile gespeichert hast, auch in den Ordner in welchem sich dein C-File befindet (so sind alle Dateien leicht zu finden), öffnest du das DOS-Eingabefenster und gehst in den Ordner wo sich die Datein befinden.

Jetzt 'make' eingeben.
Der Compiler arbeitet jetzt. Eventuelle Fehler zeigt er auch an.