Kannst du dir nich ICQ zumindest kurzfristig herunterladen und dich anmelden? das ganze geht ja absolut schnell!!! - aber naja ich gehe jetzt mal davon aus, dass dein generiertes Morsesignal nichts anderes ist als Tonfrequenz an/aus mit jeweils unterschiedlichen Pegellängen die du mit deinem "sendemicrocontroller" generiert hast. So wie ich das verstanden habe werden die tonsignale per funk zum Morseempfänger geschickt und liefern dann am audioausgang wieder die einzelnen "frequenzimpulse".
(Tut mir leid, aber ich habe die umständliche Vorgehensweise nicht kapiert, das hättest du doch auch viel einfacher haben können.)
Mein Vorschlag: du könntest mit VisualBasic über den eingang deiner soundkarte, die am besten mit directx angesteuert die sounddaten einlesen und auswerten, allerdings kann ich dir jetzt schon sagen, dass unnötig viel rechenresourcen kosten würde und auch eine gewisse verzögerungszeit kosten würde ohne viel information zu bekommen, denn so wie sichs anhört handelt es sich hier nur um absolut kleine informationen.
Besser wäre es du schließt den audioausgang des empfängers an eine selbstgebaute Hoch-/Tiefpassschaltung deren ausgang aus der frequenz ein normales ttl signal bildet und das fast in "echtzeit" und ohne rechenaufwand. Dann kannst du das signal ganz einfach mit allem möglichem auslesen wie z.b. Parallelport, RS232 (comport), mikrocontroller,......