Vergiß es. Du mußt die PCI-Specs einhalten, das heißt, Du mußt einen Bus-Controller einsetzen. Die gibt es zwar auch als Open Cores für FPGAs, aber anpassen musst Du die in jedem Fall. Die Platinen dafür sind auch nicht ohne, wenn das Ganze in einem PC funktionieren soll.

Mein Tip: Nimm einen MC mit genügend IOs und schließ den an den USB an. Die Treiber sind dafür auch einfacher zu programmieren.