Das am Parallelport während dem Startvorgang schon Daten anliegen ist anscheinend ganz normal, aber wozu das ist weiß ich nicht.
Vielleicht werden eventuell angeschlossen Drucker gleich initialisiert?
Wenn ich den Programmieradapter am Computer angeschlossen habe resettet sich der AVR immer wieder.

Ob das mit dem Abschalten der Versorgungsspannung funktioniert müsste man erstmal testen. Ich weiß nicht ob während dem Starten irgendein Pin unverändert bleibt den man nachher manuell einschalten kann.

Wenn du dir die Software für die Karte selber geschrieben hast und direkt auf den LPT zugreifen kannst, dann könnte es funktionieren.
Aber falls es ein fertiges Programm ist dann hast du vermutlich keinen Zugriff auf die einzelnen Pins.

Am einfachsten wär vermutlich wenn du einfach die Karte während dem Booten abschaltest.

Oder du verwendest einen kleinen AVR und schließt an diesem die Karte an. Der AVR wird dann über die serielle (oder USB mit FTDI) an den Computer angeschlossen und du schreibst dir ein kleines Programm mit dem du die Karte dann steuern kannst.