Ich verwende den ATMEGA16 16PL.

Ich habe mir im Manual das setzen von den fuses angeschaut. Sollte klar sein. Auch ein asm Beispiel (/muss das noch ausproibieren) ist gegeben wie man ein Programm für die bootsection screibt. (und zwar mit .org SMALLBOOTSTART).
Allerdings wie gehe ich vor wenn ich ein c programm schreibe?

Zum Programmieren verwend ich uisp.