Man kann einen Zählerstand nicht nur parallel auslesen.
Grundsätzlich kann man auch den Zähler "presetten" (auch seriell) und den Überlauf detektieren oder zur Abfrage die Eingänge übernehmen und die nötigen Pulse für den Überlauf beim eingeben abzählen.

Am besten waere ich wohl doch mit einem Controller dran?
das ist auch eine gute Idee.
Manfred