Die Unterscheidung mehrerer Joysticks bezog sich dadrauf, das du nur einen µC verwenden wolltest.
Ich konnte nicht nachvollziehen, wie nur ein Mega8 wo eh schon alle Anschlüsse belegt sind 4 Joysticks darstellen soll. Die Firmware ist ja nur für eine Interface ausgelegt. Auch wenn der AVR das Device ist, muss es intern ja auf die anderen Interfaces umgestellt werden.

Auf das Ergebnis bin ich gespannt (Nicht das ich es dir nicht zutraue. Es interessiert mich wirklich.)

Ich denke mal Plan B kommt nicht in Frage
Alles über ein FT232 in USB umwandeln. Aber da ist ja das Problem, das du da keine HIDs hast.
Es gibt von Atmel 89Sxxxx mit USB. Vll ist da ja was passendes bei?!
Jedoch fehlt da auch wieder das Bastelspaß!