Was benötigste du denn? Programmierbare Logiken (NAND, NOR, ...) oder komplexere Aufgaben (Analogeingänge, Timer, ...)?
Als programmiebare Mikcocontroller bieten sich AVRs von Atmel und PICs von Microchip an.
Welche besser sind idt eher eine "Glaubensfrage".
Es gäbe auch noch weitere Kanidaten, aber du solltest deine Anwendung etwas mehr umschreiben um bessere Hilfe zu bekommen.