OK,

Offensichtlich ist das Problem "problematischer" als ich dachte.
Hier noch ein paar Ideen:

Im Makefile solltest Du unter "Default make Target" standard oder AVR Extended COFF eintragen

Überprüf mal Deine PATH-Einstellung im Betriebssystem: Es sollten die Einträge für die Pfade "WinAVR/bin" sowie "WinAVR/utils/bin" vorhanden sein

Falls das noch nicht hilft, solltest Du mal dein Makefile schicken (Welche Version von WinAVR verwendest Du ?

Gruß