Das hört sich alles etwas merkwürdig an. Beim Start von RN-Control ertönen ein paar Töne, das ist ganz normal, das ist ja im Programm so vorgesehen. Wenn du anderes Programm einspielst ertönen diese nicht mehr. Nicht das du da was durcheinander bringst und denkst es geht nicht mehr.
Außerdem kann es je nach Software und Rechner passieren das bei angeschlossenen Programmierkabel kein RESET durchgeführt wird wenn du RESET klickst. Also auch mal Programmierkabel abmachen (am Board).
Wenn es einmal geht, muss es auch öfters gehen.