Bezogen auf den Quarz und analog zu AD-Wandlern:
Es gibt nun mal die Begriffe "Auflösung" und "Genauigkeit". Der Timer löst in Takten auf, aber die Genauigkeit des internen RC-Oszillators liegt abhängig von Temperatur, Spannung und auch Exemplarstreuung im Prozentbereich.
Mit einem Quarz kommst Du in den ppm-Bereich.
Selber kann der Timer z.B. über die PWM-Funktionen auch eine taktgenaue Ausgabe produzieren, wenn man die Output-Compare-Pins verwendet. Da ist allerdings z.B. die Einschränkung, dass man aufgrund der Länge eines Pulses manchmal einen Prescaler (Vorteiler) bemühen muss, der die Auflösung wieder verringert.
Dagegen gibt es zweifellos Mittel, wie z.B. den Timer ein paar mal komplett durchlaufen zu lassen und dann im entscheidenden Augenblick den fraktalen Rest als Overflow-Wert ins passende Register zu schreiben. Aber das ist nicht ganz unkompliziert.
Kannst Du vielleicht mal beschreiben, wie Deine Pulse zeitlich verteilt sind? Also Länge (von..bis) und Wiederholrate?
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