Es spricht nichts gegen die Methode mit der Messung der Periodendauer. Man sollte dann aber den Modus mit der Niedrigen Frequenz wählen. Wenn man ein schnelles ergebnis haben will ist das Verfahren definitov das bessere.
Der Weg mit der kurzen Schleife, die auf die Flanke wartet gibt eine unsicherkeit von einer Schleifenlänge. In Assembler sind das wohl 3 bis 5 zyklen in C wohl etwa mehr. Für die genaue Zeitmessung gibt es sonst noch die "input capture funktion" damit kann man Zeiten auf einen Zyklus genau messen. Da die Zeiten hier relativ kurz sein werden, kommt man auch ohne Überlauf aus. Man kriegt da bei jeder Flanke (der einen Sorte) einen Interrupt und den Zählerstand zu der Zeit. Man berechent einfach die Differenz zur letzten Zeit und hat dann sofort die Perioden dauer.