Also:
-die Boards sind nicht defekt
-sie kommunizieren auch mit deinem Rechner
-nur flashen klappt nicht

Da bleibt eigentlich nur noch die IDE selber übrig, die irgendwelchen Mist baut.
Vielleicht versuchst du wirklich mal, die 1.8.9 zu installieren?
Es wäre nicht das erste Mal, dass ne Arduino-Version nicht zu gebrauchen ist...da gab es schon einige.
Mehr fällt mir jetzt auch nicht mehr ein.