Hmmm, ich hab jetzt noch einmal einen intensiveren Blick auf Deinen Schaltplan geworfen.
Die 100nF an VCC kannst Du nicht über drei Controller sharen. Goldene Regel: Jedes IC wird einzeln abgeblockt. Kondensator nah an VCC und GND.
Das ist beim DIP AVR sehr einfach zu routen, weil GND und VCC direkt nebeneinander liegen. Es bietet sich an, den Kondensator direkt vor die beiden Pins zu setzen. Du kannst jetzt auch noch nachträglich die Kondensatoren auf der Unterseite der Platine an die Pins anlöten. Gleiches gilt für VRef. (Dranhalten bringt nix, Du musst wirklich für die Filterung der Controllerfrequenz die Beine kurzschneiden und anlöten)
Aber um endgültig zu Unterscheiden, was nun Wechselanteil auf dem zu messenden Signal und was Störung am ADC ist:
Wenn Du einen zweiten Lipo hast, steck ihn an den Balanceranschluss und verbinde nur seine Masse mit der Masse des ersten Akkus. Der zweite Lipo liefert so die Eingangsspannungen für den ADC, wird aber durch den Rest der Schaltung nicht belastet.
Seine Zellspannungen sind also garantiert stabil. Wenn die ADC-Werte dann gar nicht mehr wackeln, hast Du keine Störungen im ADC.
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