Der DTR gibt nur einen Impuls auf RST. Muss auch so sein, weil wenn du RST dauerhaft auf GND legen würdest, würde auch der Bootloader nicht starten. Der Bootloader ist auch nur ein Programm das im Flash liegt.

Ich würde die DTR leitung verwenden um auch die anderen UART Geräte zu steuern (sperren). Also wenn du ein Programm überträgst wird über DTR der AVR neu gestartet und gleichzeitig für eine gewisse Zeit (z.B. 15s) die UART Geräte deaktiviert. Wenn die Zeit abgelaufen ist (diese muss solange dauern bis das Programm übertragen ist) gibst du die Geräte wieder frei.
Statt einer Zeit kannst du einen Ausgang verwenden (sofern einer frei ist). Im Programm schaltest du einen Pin auf high und gibst die UART Übertragung vom Gerät frei. Wenn du eine "Alive-Led" hast, also eine Led die blinkt wenn das Programm korrekt läuft, kannst du auch diese nehmen um die Übertragung freizugeben.

MfG Hannes