Super.
Das mit dem %1 hat mir gefehlt.
Jetzt klappt alles so wie ich mir das vorgestellt hatte.

Für den Fall das jemand mal das gleiche Problem haben sollte.
In meiner Batch steht nur:
C:\Programme\SDCC\bin\sdcc.exe -LC:\Programme\SDCC\lib\small %1

Für das small Speichersysthem.
In jfe wird als Anwendung diese Batch aufgerufen. Als Parameter ist noch $FILE ausgewählt.

Noch mal vielen Dank. Hat mir sehr geholfen.