Ich habe das mal gemacht.
Ist zwar 3 Jahre her, aber ich versuche das mal aus dem Gedächtnis (die Software könnte sich geändert haben):

Du schreibst Dir eine popelige Batchdatei, z.B. compile.bat:

@echo off
sdcc %1 [Optionen]

Hierbei bedeutet die %1 einfach die erste, von JFE übergebene Variable.
In JFE muss man irgendwo unter Tool hinzufügen oder so ähnlich einen neuen Button erzeugen. Dort gibt man dann den Pfad der Batch-Datei an und als Parameter dann $path und $file für den Pfad der jeweiligen Programm-Datei.
Im Prinzip kannst Du auch nur den Pfad zum Projektverzeichnis übergeben und dann die Batchdatei den Rest machen lassen, z.B. alle C-Dateien im C-Verzeichnis kompilieren lassen (so habe ich das damals gemacht), etc.
Ebenso ist ein Button für das Programmieren des Controllers (z.B. Ponyprog) ganz praktisch.