ich sprach zunächst nicht von GPIO libs, sondern von C(++) device driver libs, ähnlich wie die ganzen Arduino-Libs (z.B. für div. Sensoren, Encoder oder Port-Multiplexer etc).
wiringPi ist allerdings für "nackte" GPIOs und I2C/SPI/UART schon ganz nett gewesen, nur leider ist es inzwischen deprecated - und pigpio wiederum ist ein einziges Kauderwelsch, gleiches gilt für die ganzen low-level bcm- und file I/O Funktionen.
Die Betonung lag ja aber auch einerseits auf "benutzerfreundlich", was beim Pi nicht gegeben ist (vgl. Arduino C++ API und Libs) und andererseits auch auf "supported durch raspberrypi.org", was ebenfalls nicht gegeben ist, denn die supporten nur Python.
Das bisschen, was es an benutzerfreundlicher C/C++-API gab, stammte nicht von der raspberrypi.org, sondern von Privatleuten (Henderson, Joan, PiGraham,...).

PS,
was analog-Ports angeht, könnte man aber durchaus Zusatz-ICs (wie MCP3008 etc) fest verbauen, schließlich sind ja auch schon USB-, BT-, WiFi-, Audio-, Video-, TFT- und HDMI-Chips mit drauf...