Für wahrscheinlicher halte ich jetzt, dass der Step-Up-Wandler Probleme macht.


per step-up erzeuge ich 5V
Die legst Du an VDD an. Dann liegt diese nicht 100%ige Gleichspannung auch am Sleep und am RESET an. Würde ich so nicht machen. Nimm mal, als Versuch, bitte die 5V vom Arduino-Board ab. Und versorge damit VDD.

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Warum brauchst Du überhaupt einen Step-Up-Wandler? Hast Du so viele Baugruppen mit insgesamt so hohem Strom zu versorgen?