Wäre es nicht auch möglich die Modulation über einen Arduino zu machen?

Aber wahrscheinlich ist es mit mit Hardware einfacher.
Sicher, über dass wie haben wir ja noch nicht gesprochen, wich wollte erstmal auf genannte Probleme eingehen

Dein Vorschlag ist hinreichend, klar kann man bekannte IR Transmitter für Modulierte Datenübertragung nutzen, das wäre simpler aber nicht so schön das PRinzip selber aufzubauen und zu erfahren wo die DEtails stecken

Die frage ist, ob jede Diode anders getaktet sein muss? nicht das unten was ausgelöst wird aber der Empfänger das Signal von oben bekommt?
Solange deine LEDs hinreichend fokussiert sind, muss man sie nicht einzeln takten, entscheidend ist nur, auf wie viele unterbrochene Strahlen du reagiern möchtest.

Ich würde noch cniht einmal PWM nehmen, sondern ganz stupide die LEDs anschalten, gucken was der Empfänger für einen WERt gibt, dann die LED abschalten und weider gucken was der EMpfänger sagt und aus der Differenz ein Streulicht-unabhängiges Signal errechnen um dann ein "Dunkel"-Schwelle zu definieren, dazu müsstest du sowieso jeden EMpfänger einzel durchschalten und analog messen.

Bei der Variante mit modulierten IR TRansmittern und REceivern zu arbeiten fehlt dir zwar der analoge PEgel um eine gewisse Tuning Option zu haben, aber es lässt sich mit einfachen ODer Gattern anwenden, sobal ein Empfänger seine Diode nicht mehr sieht, schlägst du halt Alarm

zu deiner Zeitmerssanlage, was soll sie denn erfassen? Körperteile, (speziell Hände) oder ganze Menschen oder andere Objekte (Foto-Finish?!)