Eine Sache, die ich bei dem beschriebenen Verfahren in den Kommentaren gesehen habe, war wohl dass bei niedriger Drehzahl logischerweise auch die Spannung sinkt und du eventuell Pulse verpasst!

Ein kleines Problem dabei ist, daß der Timer ab und an mal überläuft
hatte ich auch zuerst vermutet, aber er verwendet in seinem Code ja Datentypen die auf den Timer passen also unsigned int 16 und wenn ich 2 uint16 subtrahiere macht der überlauf garnichts aus, die differenz ist immer gleich und immer positiv, der Vorteil von uint halt