Hi,

std::thread counter_loop_thread(counter_loop);
std::thread blinker_loop_thread(blinker_loop);

Definier die Threads global, bzw. als Pointer. Sonst werden die instantan wieder zerstört beim Verlassen von setup() (Scope von Variablen).
Und dann entscheide dich mal ob du in dem Thread oder in der Mainloop eine Serielle Ausgabe machst. Sonst versuchst du unter Umständen von zwei Threads gleichzeitig auf das selbe Stück Hardware zuzugreifen. Je nachdem wie der Chip aufgebaut ist, könnte das durchaus als Hardware Error zu einem Cpu Reset führen.