Teilweise haben die "kompatiblen" sogar zusätzliche Features, habe ich an nem "Uno": der hat die ganzen Pins zusätzlich als dreipolige Steckerleiste drauf- man _könnte_ Servos z.B. direkt anstecken. Auch hat der nen Umschalter drauf, mit dem man ihn auf 3.3V umstellen kann.
Auch die Pro Minis (wenn ich mich recht entsinne, kann auch sein es war nen Micro) gibt es teilweise mit mehr rausgeführten Pins als die Originale.
Megas hab ich mehrere- die laufen auch alle problemlos.
Ehrlich gesagt hab ich kein einziges Original- und gerade die ProMini sind ja so spottbillig, dass man die in jedem Kram einbauen kann.

Was _gelegentlich_ (eigentlich nur bei den gaaaaanz billigen bisher) vorkommt, dass kein Bootlader drauf ist- oder auch, wie bei einem meiner Megas, ein älterer.
Ohne Bootlader ist da nix mit flashen (den kann man aber nachträglich aufspielen, also lösbar), und einer meiner Megas hat das "!!!"-Problem.
Heisst, wenn man dem nen String aufspielt, der mehrere Ausrufezeichen hintereinander enthält, wird das Ding komisch....
Das soll wohl in den neueren Bootladern gefixt sein- mich persönlich störts nicht, da ich solche Zeichenfolgen generell nicht benutze.
Von daher hab ich da nix weiter unternommen.

Dass irgendeiner der Clones bzw. Kompatiblen gar nicht funktioniert, hatte ich noch nie. Spätestens, nachdem der Bootlader neu aufgespielt war, liefen die immer alle.