Ich verwende auch das AVR Studio (4 und 7) und schreibe die Programme in C. Ich verwende zum Testen die Arduinos (seit neuesten) und flashe weiterhin über ISP und verwende den Bootloader nicht. Wenn ich ein Schaltung entwerfe verbaue ich aber nicht die Arduinos sondern direkt die uC, da ich flexibler bin. Aber zum Testen sind die Arduinos sehr komfortabel. Shields o.Ä. verwende ich nicht.

Wenn du schon in ASM programmierst hast du auch einen Programmer und somit würde ich dir raten in C zu schreiben (AVR Studio ist kostenlos) und mit diesem Programmer zu flashen. Wenn das auch ein Debugger ist kannst du auch den C-Code direkt debuggen (wenn der Debugger vom AVR Studio unterstützt wird).

MfG Hannes