Sei vorsichtig mit Interrupts.
Die heissen nich umsonst so: sie unterbrechen den normalen Programmablauf.
Was genau passiert, wenn ein Interrupt das tut, und während nun seine ISR abgearbeitet wird, löst ein weiterer Interrupt aus?
Je mehr davon man benutzt, umso höher die Wahrscheinlichkeit, dass dieser Fall mal eintritt.

Interrupts sind eigentlich eine tolle Sache-haben aber ihre Tücken, eben, weil sie den normalen Programmablauf stören.

Beispielsweise kann man eine SD-Karte recht leicht zerstören, indem man, während nem Schreibzugriff darauf, einen Interrupt auslöst.
Das muss man bedenken, und beispielsweise so umschiffen, dass man für die Dauer des Schreibzugriffes die Interrupts sperrt, oder ähnliches.
Also: Vorsicht, bitte....

Ob dein konkretes Beispiel funktionieren wird, kann ich dir leider nicht sagen-ich halt nicht viel vom Due (heisst aber nicht, dass der schlecht wäre).