Die serielle Schnittstelle ist wie dir schon geraten wurde die einfachste Variante. Dem MC (z.B. dem vorgeschlagenen AVR) teilst Du dann über entsprechende Befehle mit, was er mit dem Schrittmotor machen soll.

Das Programm für WinCE kannst Du mit Visual Basic für WinCE oder mit VC++ erstellen. Die Tools gibt es kostenlos bei Microsoft.