Der TL866 ist ein HV-Programmiergerät, solltest du Reset bzw ISP deaktivieren ist das also kein Problem. Das mit den Fuses habe ich auch gehabt (habe auch den TL866 und ISP nachgerüstet). Wenn ich einen uC beschreiben will, lese ich zuerst den Controller aus. Anschließend öffne ich die Hex Datei und programmiere die Hex und Fuses (eventuell Eprom).

PS: Der Atmega ist soweit ich weiß gesockelt. Einfach herausnehmen und in den Programmer stecken (achte auf die Positionierung, es gibt aber Bilder wie du die Bauteile stecken musst)

MfG Hannes